目前水产养殖水再利用方面的研发大部分集中在以细菌为基础的系统，但水再利用系统中的细菌成分全部用于消耗多余的养分，需要不小的资金和操作费用，而以微藻为基础的水再利用系统开发则有光明的前景。拿以微藻为基础的水再利用养虾系统为例，系统产生的微藻能够产生另一种物种，如卤虫，既可以带来销售利润，也可以用作虾饲料改善其饮食。
　　 在热带和亚热带，以微藻为基础的再循环水产养殖系统与以细菌为基础的系统相比，优势更加明显，环境效率更高，更经济。在一个综合的虾和卤虫生产系统中，虾饲料的多余营养用来生产海洋硅藻，硅藻用来喂养卤虫，而水返至虾箱。夜间海藻密度的降低对系统水中溶解氧的含量有积极影响，白天卤虫产生的二氧化碳对虾箱中的水的pH值有积极影响。
　　 把虾和卤虫生产集中起来并非易事。在综合、持续运作、再生循环系统中，要使系统正常工作，必须优化系统中的水流量。有足够的水在卤虫系统中流动，才能确保足够的硅藻供给，保持适当的溶解氧水平，满足虾箱中集中固体微粒对水流的需求，同时在虾箱的尺寸上，必须有足够的表面积，以接受硅藻生长需要的日照。