林绍文  研究员
第一任所长（1947-1949）
海洋生物学家

朱树屏  研究员
第二任所长（1951-1976）
海洋生态和水产学家

刘恬敬  研究员
第三任所长（1981-1988）
海洋生态与养殖学家

邓景耀  研究员
第四任所长（1988-1994）
海洋生态学家

唐启升  研究员
第五任所长（1994-2008）
中国工程院院士、
海洋渔业资源与生态学家

 王清印  研究员
第六任所长（2008-）
海水养殖生物遗传育种学家